良渚遗址作为全国重点文物保护单位，是一个典型的大遗址，保护区面积42.02平方公里，管理区面积242平方公里。遗址区域地处杭州近郊，人口和产业极为密集，文物保护与当地民众生产生活、经济社会发展存在着较为突出的矛盾。为有效缓解这一矛盾，促进文物保护与遗址地村级集体经济发展、民生改善的共赢互利，良渚遗址保护管理机构——杭州良渚遗址管理区管理委员会从2005年起开始实施《良渚遗址保护区文物保护补偿办法》，每年安排专项资金，开展村一级文物保护目标考核，根据考核结果下拨文物保护补偿经费，对村级集体经济进行补偿。
《办法》实施10年以来，补偿范围不断扩大，由最初的11个行政村增加到24个行政村社区，实现遗址区全覆盖；经费大幅度提升，由最初的每年41.7万上升为592.52万；考核细则不断完善，有效调动基层村组织对文物保护工作的积极性；经费来源不断稳固，杭州市和余杭区两级财政10年来已经累计发放2548.97万元。文物保护补偿经费弥补了基层组织在文物保护中失去的发展机会成本及经济成本，提高了基层政府组织及民众在保护文物中的主动性。此项制度也为全国大遗址保护提供了一个解决文物保护与经济发展矛盾的新思路。