当时在徐州一带，时有匪众出没。吴瀛他们快到徐州时，就听说前一天晚上，有约1000余人的武装在徐州路段附近窥伺。地方当局发觉后，出兵打了一仗。那伙武装见地方有所准备，慌忙退去。

　　因为专车从北平出来后，曾绕道陇海铁路，所以直到第4天，才行至南京下关。专车停靠后，所有的人都松了一口气，以为可以告一段落了。

　　然而，事情并非如人们所想象，一系列的麻烦正等待着他们。

　　就在第一批古物离开北平的第3天，张继在南京中央政治会议上提出一项紧急议案，建议故宫古物改运洛阳和西安。他的理由是把古物运往上海，存入租界，受外 国人庇护，是国家的耻辱。他的这一理由冠冕堂皇，加上开会时提议故宫古物迁沪的宋子文正在上海，不能到会，所以会上没有反对之声。

　　专列在南京下关车站停稳后，在车站等候的行政院秘书长褚民谊告诉吴瀛，中政会议议决故宫古物改运洛阳、西安。因此他嘱咐吴瀛先不要卸车，专车就先停在站上。

　　把这么重要的古物停放在站上，这怎么成呢？吴瀛立即吩咐卫队、宪兵们都不能离开车站，监押人员也都暂留车上。如此布置后，吴瀛还是放心不下，他乘坐褚民谊的车，直奔军政部寻找主管人，请他们即刻调500士兵到下关车站护卫专列。

　　那一夜，吴瀛心中怨气郁结，无论如何不能入眠。一方面是担心车站停放的文物安全；一方面觉得张继搞阴谋可恨。如此价值连城的珍贵历史文物，到了南京，居然连个存放的地点都没有，一旦真出了事情，自己如何交代！

　　第二天，南京下起了雨，吴瀛亲自到军政部借了大批的苫布，盖到车皮上，给文物遮风挡雨。他随后到行政院，追问洛阳、西安方面接收文物的准备情况。褚民谊告诉吴瀛，洛阳、西安回电说没有储放文物的地方。

　　然而张继仍然坚持把文物迁运洛阳、西安，他要吴瀛不必为文物的去处操心，只管等候洛阳、西安两地找到文物存放地的最终消息，再行押送。

　　在故宫文物停放南京期间，吴瀛每天都要从饭店跑到下关车站，查看专列上的文物是否安然，因此他无法抽身到上海去找宋子文。他曾致电北平，但北平也没办法，问题必须在南京解决，他只有等着宋子文回南京。

　　两个星期过去了，宋子文才从上海回南京。吴瀛闻讯一清早就找到宋子文，讲述自己在南京苦等的种种艰难，并表示“只有照原案运上海才是上策”。

　　宋子文于当晚就召集了临时中央政府会议，会上议决故宫古物、图书照旧运沪，暂存故宫博物院已在上海租定的仓库，日后再从长计议；文献档案留在南京，暂存行政院大礼堂内。